داستان باغ بلور، در وهله اول با جمله به زن، زن مظلوم این دیار آغاز می‌شود. نویسنده با پذیرش تمایز و مقابل مرد و زن، با کلامی اقتدار گرایانه که با صفت مظلوم که به زن این دیار داده است، تفکر مرد سالارانه‌ای خود را که سخن مسلط این سرزمین است، به نحو خودآگاه، بیان کرده است. به عبارتی زبان و بافت و نحو آن در این عبارت مرد سالارانه است. رمان با توصیف صحنه‌ی زایمان لایه، زنی که بیش از همه‌ی زنان رمان مورد توجه است، آغاز می‌شود تا در ادامه جایگاه اجتماعی زنان رمان خود را نشان دهد. به عبارتی زنان  او آدم‌های مفلوک و فقرزده، جاهل و بی‌اراده هستند که دست تقدیر-تقدیر طبیعی و اجتماعی- آنان را از سویی به سویی می‌کشد. آنان همانطور که کنش‌های طبیعی خود را برنگزیده‌اند، مسئول کنش‌های اجتماعی خود نیز نیستند. نویسنده در فصل  مربوط به زایمان لایه، اعمال طبیعی حس مادری و عمل زایمان لایه را با همین اعمال در گوسفندان مقایسه می‌کند. آیا او تنها درصدد بیان فصل مشترک انسان و حیوان است و یا لایه‌اش را گوسفندی سر راهی می‌بیند که بعدها لقمه‌ی چربی برای گرگ‌های جامعه‌ی مرد سالار است؟ لایه نه تنها در طبیعت با گوسفندان اشتراکاتی دارد که نقش اجتماعی او نیز در امتداد همین طبیعت گوسفندگون شکل می‌گیرد. نویسنده در این عبارت به سه موقعیت طبیعی زن اشاره می‌کند که بنابر ساختار روحی و فیزیکی جسمانی، در آن‌ها قرار می‌گیرد. بعبارتی خود این موقعیت‌ها را نمی‌سازد بلکه در این موقعیت‌ها پرتاب می‌شود. و نتیجه‌ی این پرتاب درد و رنج برای زن است. نویسنده با تاکید بر موقعیت طبیعی زن از همان آغاز او را برای نقش اجتماعی ضعیفش آماده می‌کند و شگفت اینکه موقعیت‌هایی که زن‌ها در آن حضور دارند، موقعیت‌هایی در امتداد همان موقعیت طبیعی زن بودنشان است. نویسنده در سه موقعیت زنان داستانش را گرد می‌آورد و اعمال و روحیات آن‌ها را تشریح می‌کند. اولین بار همه‌ی زن‌های داستانش را به حمام  زایمان آن‌ها را وا می‌دارد تا دنیای کوچکشان را به خواننده نشان دهند. این موقعیت تنها با موقعیت زایمان می‌تواند شکل بگیرد. و درموقعیت دوم، آن‌ها را به مجلس عروسی می‌برد و زیست جهان بیمار‌گون هر کدام را به تصویر می‌کشد.در موقعیت سوم آن‌ها عزادار مردانشان هستند. مردانی که با شهادتشان رستگار می‌شوند. و از جهان ناامن، متزور و پست به باغ بلور راه می‌یابند. زن‌ها می‌مانند، راه رستگاری برروی آن‌ها بسته است. دروازه‌های باغ‌بلور بر روی آن‌ها قفل است. رستگاری مختص مردان است. زنان پریشان و درمانده در وضعیتی ناامن، زندگی را ادامه می‌دهند، رستگاری در کار نیست. اگر راهی یافت می‌شود، این راه به انحراف و ذلت منتهی می‌شود. چنانکه لایه و خورشید این راه را بر می‌گزینند.غرض اینکه نویسنده‌ی باغ‌بلور با برجسته کردن موقعیت طبیعی زنان، موقعیت زن بودن، همسر بودن و مادر بودن آنها را تا به انتها در همان موقعیت نشان می‌دهد. کنش‌های آن‌ها در جهت موقعیت طبیعی آن‌هاست. گویی زن‌ها وارد عصر مدنیت نمی‌شوند. ‌آن‌ها موجوداتی طبیعی، همانند دیگر جانوران مونث هستند. بی‌تصمیمی از ویژگی‌های اساسی زنان باغ‌بلور است. آن‌ها تن به تقدیر می‌سپارند، سوری در هنگام ازدواج با اکبر همانقدر منفعل است که در هنگام ازدواج با احمد. لایه در چنبره‌ی اختاپوسی‌وار خورشید گرفتار است و راهی را می‌رود که او برایش تدارک دیده است و خورشید خود اسیر موقعیت اسفبار خود است.عالیه و سوری پریشان‌حال و درمانده‌اند؛ و بر سر مسائل زنانه با یکدیگر در جنگ هستند. (سلیمانی، 1380: 168-178)مسیر داستان این قصه طوری است که اگر چه شخصیت‌ها تحول پیدا می‌کنند، ولی تکامل نمی‌یابند. هیچ‌کدام آن‌ها مثل عزت‌السادات قهرمان نیستند. این‌جا، آن روی سکه است. در بین زنان داستان، ارتجاع و بازگشت به ارزش‌های طاغوتی را در یک مجلس عروسی می‌بینیم. لایه از عروسی که بر می‌گردد غصه داراست. زنجیره‌ای از حوادث و وقایع او را آزار می‌دهد. (آرمین، 59:1374)از دید مخملباف، همه‌ی زنان، با تمام قوت و ضعف‌های شخصیتی و اخلاقی‌شان، مظلوم‌اند؛ حتی خورشید فاسد و هرزه. یکی از مهم‌ترین ویژگی این زنان این است که هیچ‌کدام از این زنان هم تحصیلات بالا ندارند؛ و اغلب کم‌سواد و عامی‌اند: خورشید شاید حداکثر دو- سه کلاس سواد داشته باشد. عالیه اگر کمتر از او سواد نداشته باشد، بیشتر هم ندارد. سوری دبیرستان را نیمه کاره رها کرده است. لایه، که اصلاً ذکری از سواد و تحصیلاتش نمی‌رود؛ و قاعدتاً نباید حتی به دوره دبیرستان هم رسیده باشد. تنها ملیحه است که دیپلم دارد. با این وجود مثلاً سوری حتی در همین حد کم تحصیلات خود هم، با فرهنگ نیست، و در عمل، بسیار عامی معرفی شده است. طوری که ما، از این نظر تفاوت چندانی بین او و عالیه و لایه نمی‌بینیم.تاکید مخملباف در این داستان، به خصوص، بر مظلومیت زن بیوه در ایران است. در باغ بلور، خورشید، در دوازه‌سالگی بیوه شده و به ناچار از آن به بعد، تمام عمر را به صیغه‌روی گذرانده است. سوری بیوه است. لایه بیوه است. عالیه هم در آخر بیوه می‌شود. اما جالب این‌جاست که همین زنان مظلوم گاه خود نیز با یکدیگر نمی‌توانند بسازند، و خودشان بر نوع خود ستم می‌کنند.حضور زن در باغ‌بلور به معنای حضور روح و زندگانی است. تجسم تحمل و شکیبایی است. در این داستان لایه، ملیحه، خورشید... حضوری ژرف وگسترده دارند. گفت و گوی آن‌ها با هم و با مردان طبیعی و موثر است. حضور آنان در داستان نه به منظور توصیف و وقایع جنگ و پشت جبهه و تشدید تاثیر آن‌هاست بلکه حضوری است مستقل که از منش خود ایشان می‌بالد و زمینه‌ی تلاش و تغییرایشان با درگیری با واقعیت‌ها، تصویر می‌شود و با حرکتی متقابل پیش می‌رود. (دستغیب، 1376: 411)از نظر اخلاقی- رفتاری زنان داستان یک‌سو قرار گرفته و خورشید خانم با توجه به عملکرد سابقش در سوی دیگر قرار می‌گیرد. زنان داستان راهی را می‌روند که باید بروند. اوست که زحمات زیادی را تحمل می‌کند، رنج‌ها می‌کشد ولی در جامعه مرد سالار هیچ به حساب نمی‌آید. گویی او فراموش شده است.زنان در این داستان، قربانی تمنیات مردان هستند. مردانی که یا شهوترانند و یا انگیزه‌های سیاسی و اعتقادی دارند. هر دو دسته، زن را به نحوی تحت فشار می‌گذراند؛ چه آن زمان که از او تمتع جسمانی می‌برند و چه زمانی که او را رها کرده و به آرمان و اعتقاد خود می‌اندیشند. اگرچه آرمان خواهی مردان در این رمان مبهم و کمرنگ است، اما به هر حال تاثیر منفی خود را روی زنان می‌گذراند. آنان نیز موجودند و با مشکلاتی روبرو خواهند شد و در جامعه‌ای چنین هرگز نخواهند توانست با مشکلات زیاد مقابله نمایند. چنین مردانی بدون در نظر گرفتن مشکل زن تنها براساس اعتقادات خویش بدون اینکه مشکلات آنان را رفع سازند دنبال آرمان‌های خویش روند زنان خویش را رها می‌سازند. نوع جبهه رفتن آنها نیز گویی فرار از بار مشکلات و برخورد نکردن با سختی‌های آتی است. زنان این داستان، چون موجوداتی بی‌اختیار و بی‌اراده سرنوشتشان را به دست دیگران سپرده‌اند؛ سرنوشت آنها را با مردان رقم می‌زنند و یا حوادث و اتفاقانی طبیعی. گویا آنان عروسکی هستند بی‌اراده و تمام اختیارشان در دستان دیگران است. خود را لباسی می‌دانند برای پوشش مرد. گویی آمده‌اند که از مردانشان مراقبت کنند و آنان را تر و خشک نمایند. متولد شدند با سرنوشتی مبهم که تنها وظیفه‌شان کار خانه است و زاییدن آن‌ها هویتی مستقل ندارند، هویت آنان در کنار مردان معنا پیدا می‌کند. (زواریان، 40:1370)